Гильдия это транспорт, Император - сила и ресурсы, Бене Гессерит - религия и контроль рождаемости.
У Гильдии монополия, вот и выставляют какие им вздумается цены. Императора это устраивало, проще контролировать вассалов (потому, кст, перевозка войск и стоила так дорого: чтобы мало кто, даже из Великих домов, мог себе это позволить). Гильдии, какбе, тоже незачем выебываться Императора. Он делает всю грязную работу - добывает пряность, обеспечивает безопасность. Вы прикиньте, какая это экономия: не надо самим нанимать рабочих, закупать оборудование, контролировать их ход работ, не надо содержать население планеты, не надо содерджать армию, которая будет защищать столь ценный ресурс. Зачем им такой гемморой себе организовывать? Гильдию их положение более чем устраивало.
Сестры никогда не стали бы сотрудничать с Гильдией, они их ненавидели. БГ считали, что со всеми своими селекционными программами и религиозной мутью они борются за будущее всего Человечества и сохранение равновесия во Вселенной, а Гильдию, по их мнению, интересовали только бабки и власть, за это БГ их презирали.
Почему из великих домов никто не пытался ничего изменить и ничего не нарушал? Дык боялись сардаукаров. Даже в фильме озвучили, что все панически боялись того, что произошло с Атрейдисами. Вон как их жестко размазали, а Герцог, всего-то, стал негласным лидером Ландсраада, идти против Императора он и не думал даже. Может и были там недовольные, да только ресурсов тягаться с Императором не было ни у кого.
И получается, что каждая из "ног" этого треножника всеми силами пытается устоять на своем месте, за счет чего все это и удерживается как-то. Ну и к тому же, к моменту начала всей этой истории, эта система настолько себя исчерпала, что в итоге получился колосс на глиняных ногах. Хватило одного 15-ти летнего пацана, чтоб все посыпалось к хуям.